Lille fluesnapper yngler kun i Europa fra Tyskland i et bredt bælte østover til Ural, hvor den afløses af en nærtstående art. Arten overvintrer som en af de få langttrækkende småfugle i Indien, og europæiske bestande trækker således om efteråret mod østsydøst. Arten findes i åben, ældre løvskov, og føden består fortrinsvis af insekter. I Danmark er den en sjælden og uregelmæssig ynglefugl, og landet ligger på vestgrænsen af artens udbredelsesområde. En del fugle ses nordvest for udbredelsesområdet om efteråret (modsat normaltrækretningen), blandt andet regelmæssigt i Skotland og på Englands østkyst. Hovedparten af de fugle, der optræder i Danmark om efteråret, formodes at være et resultat af et sådant omvendt træk, mens de fleste forårsfugle formentlig er fugle på forlænget træk. Trækgæster ses i Danmark fra midt i maj til starten af juni, og igen i august-oktober. Hovedparten af fuglene ses på Christiansø.
Læs mere om arten i afsnittet fra Dansk Trækfugleatlasher