Lille skallesluger yngler i det nordlige Sverige og Finland og videre østover gennem Sibirien til Kamchatka ved Stillehavet. Bestandene forlader yngleområderne om vinteren og overvintrer bl.a. langs Østersøens kyster (Durinck m.fl. 1994). I Danmark er der i vinterperioden optalt mellem 200 og 600 små skalleslugere (Pihl m.fl. 2001). I isvintre, hvor de tyske og polske Østersølaguner fryser til, kan antallet dog være større (Laursen m.fl. 1997).
Læs mere om arten i afsnittet fra Dansk Trækfugleatlasher