Stor skallesluger er i Danmark en sjælden ynglefugl, som næsten udelukkende yngler ved de østvendte kyster i Sydsjælland, på Møn og Nordøstfalster samt ved Als og Lillebælt. Den danske bestand er anslået til 30-45 par (Grell m.fl. 2004), og arten er opført på Den danske Rødliste (2004) som næsten truet. Uden for Danmark yngler stor skallesluger i det nordlige Europa, det nordlige Asien og det nordlige Nordamerika. Her i landet er stor skallesluger en almindelig gæst i vinterhalvåret, og de indre danske farvande er vigtige overvintringsområder for den nordvesteuropæiske bestand (Laursen m.fl. 1997). En stor del af de nordeuropæisk hanner trækker om efteråret til Tanaelven i det aller nordligste Norge (Wernham m.fl. 2002).
Læs mere om arten i afsnittet fra Dansk Trækfugleatlasher